Областная шахматная школа впервые была образована в 1975 году и имеет богатую историю. В 70-80-е годы в ней работали такие известные шахматисты и тренеры как мастера спорта СССР Олег Дементьев, Александр Малевинский, кандидаты в мастера спорта Наталья Вильде, Николай Герасимов.
За период работы школы были воспитаны тысячи шахматистов – гроссмейстеров, мастеров и разрядников. Среди лучших выпускников гроссмейстер Анна Сегал – чемпионка мира среди девушек до 14 лет (1991 год), гроссмейстер Григорий Кайданов – многократный чемпион США и призер шахматных олимпиад в составе сборной США, гроссмейстер Евгений Романов – чемпион мира и Европы среди юношей, 3-й призер чемпионата Европы 2013 года.
Выпускниками спортивной школы по шахматам являются международные мастера Горин Леонид и Павел Шкапенко, мастера ФИДЕ Петр Лукинов и Глеб Каганский (ныне проживает в Израиле), мастер спорта России Татьяна Крестьянова. Традиции победных выступлений в шахматных соревнованиях продолжают сегодня нынешнее поколение юных шахматистов спортивной школы – чемпионы и призеры первенств и чемпионатов области и СЗФО: Красовский Святослав, Устич Екатерина, Уфимцев Егор, Чибухчян Эрик, Леонов Олег, Лосев Владимир, Хомколов Александр, Квачко Анастасия, Дятлов Дмитрий, Ситников Андрей, Лосева Маргарита, Артюхова Елизавета, Беденко Никита, Разумов Федор, Новиков Никита, Власов Дмитрий, Филипчик Дмитрий, Аванян Ани, Аванян Мари и многие другие.
На сегодняшний день в Калининградской области работает 2 отделения в г. Светлогорске и в г. Янтарном, а также 5 отделений в Калининграде, в которых обучаются 665 юных спортсменов.
С 1 января 2013 года к ГБОУ ДОД КО «ДЮСШ по шахматам» была присоединена ГБОУ ДОД ДЮСШ по бильярдному спорту.
Областная ДЮСШ по бильярдному спорту была создана в 2004 году по инициативе Председателя КРФБС Барскова И.Д. при поддержке Губернатора Калининградской области Егорова В.Г.
За период существования школы были воспитаны 3 мастера спорта России. Это лучшие воспитанники школы, многократные призеры областных и российских соревнований: Гончаров Никита, Белоглазов Вадим, Иванов Анатолий.
Юные воспитанники школы неоднократно побеждали и становились призерами чемпионатов Калининградской области. 6 воспитанников выполнили норматив Кандидата в мастера спорта: Пимкин Е., Коновалов В., Кальченко В., Петров Е., Кашшапов В., Шевченко П.
В 2005 и 2006 годах воспитанники школы стали бронзовыми призерами Командного Первенства России среди юношей до 18 лет, а в 2008 году стали серебренными призерами Командного первенства России по бильярдному спорту.
В 2011 году Коновалов В., Кальченко В., Петров В. стали победителями Чемпионата Калининградской области в Командном зачете.
Мастер спорта Белоглазов В. и КМС Коновалов В. вошли в состав юношеской сборной России по бильярдному спорту.
Юная воспитанница школы Бачинскас А. (12 лет) стала в 2013 году чемпионкой области среди женщин.
На сегодняшний день в Калининградской области работает 3 отделения в Гвардейске, Краснознаменске и Гусеве, в которых обучаются 90 юных спортсменов.
30.08.2017 года ГБОУ ДОД КО "ДЮСШ по шахматам" приказом Агентства по спорту Калининградской области от 26.06.2017 г. № 54 было переименовано в ГБУ КО "Спортивная школа по шахматам".